1894年甲午战争爆发以后，虽然战事主要集中在北方，但是因为担心日本海军会南下袭击闽浙海面，因此南洋水师也不敢掉以轻心，命六艘主力巡洋舰分守各处。其中“南琛”、“南瑞”两舰驻防台湾，“开济”、“镜清”、“寰泰”、“保民”四舰则一起守卫吴淞口。 黄海海战后，由于北洋水师损失惨重，清政府曾经考虑抽调南洋水师北上增援。不过南洋方面以种种理由推脱，直至战争结束依然没有北上。 当然了，南洋水师虽然没有直接参加战斗，但是也并非全程无所事事，除了日常巡逻之外，日本一度打算雇佣英国莫卧儿轮船公司出租给美国巴伯公司的的“巴山”号轮船运送军用物资到日本。这一消息被清政府驻新加坡的外交人员获悉，于是通知国内进行拦截。 1894年9月20日“巴山”号轮船在台湾海峡被“南琛”号和海关的“斯美”号截停。“南琛”号派出官兵上船检查，在货单中看到了有一批运往日本的军火和化工品，于是将其扣留，押往基隆没收违禁物资。 经过一番检查，最后查获了一批运往日本的左轮手枪和子弹并将其没收。本来这件事到此也就告一段落了，清军打算将“巴山”号放行。然而就在船上水手将其他货物搬回船上时，检查人员又发现了两件疑似炮弹的物品。于是“南琛”号的水兵和海关人员再次对货物进行了全面检查。 第二次检查没有发现问题，但是这样前后耽搁了“巴山”号近半个月的时间，延误了货期。加上恰逢大雨，很多货物被雨淋湿，一些因此损坏，此外检查货物时也有一些损坏，因此“巴山”号不得不支付违约罚金和赔偿损坏的货物，损失巨大。 英国船东为了减少损失，请求英国政府向清政府索取赔偿。英国方面认为南洋水师的行动符合战时的要求，不过清政府没有建立符合国际要求的捕获法庭，行为上有瑕疵，因此向清政府提出赔偿请求。 此时已经焦头烂额的清政府不愿意在这种小事上得罪英国，于是赔偿了轮船公司的损失。对比日本海军在丰岛海战中击沉英国“高升”号货船，最后英国人却认为责任也由清政府承担，赔偿了英国一切损失，英国政府在这场战争中的态度有些耐人寻味了。
